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La Facultad de Filosofía abrió sus puertas el 08 de junio de 1985 como Escuela Superior de Ciencias de la Educación, dependiente de la Facultad de Filosofía de la Universidad Nacional de Asunción, su creación fue aprobada por Resolución del CSU-UNA Nº 2070, del 9 de mayo de 1985.
Con el nacimiento de la Universidad Nacional del Este, el 22 de octubre de 1993, todas las carreras de la Escuela Superior de Ciencias de la Educación pasaron a formar parte de la Facultad de Filosofía de la Universidad Nacional del Este
Actualmente la Facultad de Filosofía cuenta con siete Carreras de Grado y veintiún Programas de Posgrado aprobados por el Consejo Superior Universitario y habilitados por el Consejo Nacional de Educación Superior.

Las carreras de grado que imparte la institución son: Ciencias de la Educación, Psicología, Ciencias de la Comunicación, Matemática, Letras, Filosofía e Historia.
Los Programas de Posgrado aprobados por el CONES son:
Posgrado de Especialización en: Psicología Oncológica, Psicología Laboral, Psicología Clínica, Gestión Educacional, Evaluación Educativa, Historia del Paraguay, Literatura Paraguaya, Literatura Hispanoamericana, Guaraní, Didáctica Universitaria, Didáctica de las Matemáticas, Mediación y Resolución de Conflictos, Estadística
Maestrías: Psicología Clínica, Psicología Laboral, Psicología Comunitaria, Mediación, Negociación y Resolución de Conflictos, Educación Superior, Educación con énfasis en Investigación Educacional, Historia del Paraguay,
Doctorado en Psicología

Las Carreras de Grado que actualmente se encuentran acreditadas en el Modelo Nacional por la Agencia Nacional de Evaluación y Acreditación de la Educación Superior (ANEAES) son: Ciencias de la Educación, Psicología, Ciencias de la Comunicación, Matemática, Letras e Historia.